ابزارهای NIfTI برای MATLAB

NIfTI Tools مجموعه‌ای از ابزارهای MATLAB است که برای پردازش و تجزیه و تحلیل فایل‌های NIfTI و ANALYZE طراحی شده است. این ابزارها به کاربران اجازه می‌دهند تا داده‌های تصویربرداری پزشکی را بارگذاری، ویرایش، ذخیره، بازنمونه‌گیری (resample)، برش (clip) و مشاهده کنند.

? لطفاً قبل از استفاده از این ابزارها، به اسناد زیر مراجعه کنید:
✅ NIfTI_tools.pdf: شامل توضیحات دقیق و جدیدترین به‌روزرسانی‌ها.
✅ UseANALYZE.pdf: اگر در مورد راست و چپ تصاویر ANALYZE سردرگم هستید، این فایل را مطالعه کنید.
✅ FAQ.pdf: شامل راهکارهای عملی و مثال‌های واقعی برای استفاده از این ابزارها.

---

برنامه‌های اصلی:

1. load_untouch_header_only.m

? توضیح: بارگذاری فقط بخش هدر (Header) فایل‌های NIfTI یا ANALYZE بدون تغییر در داده‌ها.
? کاربرد: مناسب برای استخراج سریع اطلاعات متاداده‌ای از تصاویر پزشکی.

2. load_nii.m

? توضیح: بارگذاری فایل‌های N-Dimensional NIfTI (۳ تا ۷ بعدی) و ANALYZE (۳ تا ۴ بعدی) و اعمال تغییرات هدر (مانند مقیاس شدت و تبدیل هندسی).
? ویژگی خاص: امکان استخراج محدوده خاصی از داده‌ها (مثلاً بخشی از یک سری زمانی).

3. save_nii.m

? توضیح: ذخیره ساختار NIfTI که با load_nii.m بارگذاری شده یا با make_nii.m ساخته شده است.
? کاربرد: ذخیره تصاویر پزشکی پس از پردازش.

4. make_nii.m

? توضیح: ایجاد یک ساختار NIfTI جدید بر اساس یک ماتریس N-بعدی و پارامترهای اضافی (مانند اندازه وکسل و موقعیت مبدا).
? کاربرد: تولید فایل‌های NIfTI برای پردازش داده‌های تصویری.

5. make_ana.m

? توضیح: ایجاد ساختار ANALYZE سه‌بعدی با تنظیم پارامترهایی مثل اندازه وکسل و موقعیت.
? کاربرد: ایجاد فایل‌های سازگار با نرم‌افزارهای قدیمی که فقط از فرمت ANALYZE پشتیبانی می‌کنند.

6. reslice_nii.m

? توضیح: بازنمونه‌گیری فایل‌های ۳D یا ۴D NIfTI یا ANALYZE بر اساس ماتریس affine.
? کاربرد: مفید برای تصاویر اریب (Oblique) که چرخش غیرمتعامد دارند.
⚠️ توجه: بعد از استفاده از این تابع، نباید از تصحیح زمان اسلایس (Slice Time Correction) استفاده کنید.

7. pad_nii.m

? توضیح: افزودن حاشیه (Padding) به حجم‌های NIfTI از هر ۶ جهت، بدون تغییر در داده‌ها.
? کاربرد: مناسب پس از بازنمونه‌گیری برای هماهنگ‌سازی ابعاد.

8. clip_nii.m

? توضیح: بریدن حجم‌های NIfTI از هر ۶ جهت، بدون تغییر در داده‌های اصلی.
? کاربرد: تنظیم ابعاد پس از پردازش‌های دیگر مانند reslice_nii.m.

9. view_nii.m

? توضیح: نمایش و ویرایش ساختارهای NIfTI و ANALYZE. امکان نمایش نقشه‌های فعال‌سازی (Activation Map) و مناطق مورد علاقه (ROI) بر روی تصویر زمینه.
? ویژگی خاص: امکان تنظیم جهت تصویر و تغییر مقادیر وکسل‌ها.

10. load_untouch_nii.m

? توضیح: بارگذاری فایل‌های NIfTI یا ANALYZE بدون اعمال هیچ تغییری از روی هدر.
⚠️ هشدار: از این داده‌ها در view_nii.m استفاده نکنید.

11. save_untouch_nii.m

? توضیح: ذخیره ساختار NIfTI یا ANALYZE بدون اعمال تغییر در داده‌های بارگذاری‌شده.
? کاربرد: ایجاد نسخه جدید از تصویر بدون تغییر در هدر و داده‌ها.

---

برنامه‌های تکمیلی:

1. collapse_nii_scan.m

? توضیح: ترکیب چندین فایل NIfTI یا ANALYZE تک‌اسکن به یک فایل چند‌اسکن.

2. expand_nii_scan.m

? توضیح: تقسیم یک فایل NIfTI چند‌اسکن به چندین فایل تک‌اسکن.

3. save_untouch_slice.m

? توضیح: ذخیره بخشی از اسلایس‌های پردازش‌شده، بدون تغییر ابعاد تصویر اصلی.

4. get_nii_frame.m

? توضیح: بازگرداندن تعداد فریم‌های زمانی (Time Frames) یک فایل NIfTI.

5. flip_lr.m

? توضیح: وارون‌سازی چپ/راست (Left-Right Flip) تصاویر NIfTI یا ANALYZE بر اساس نقطه مبدا.
⚠️ هشدار: این عملیات را با دقت انجام دهید، اما همیشه می‌توان تصویر را دوباره برگرداند.

6. load_nii_ext.m

? توضیح: بارگذاری بخش افزونه‌های (Header Extension) یک فایل NIfTI.

7. mat_into_hdr.m

? توضیح: ادغام ماتریس affine از فایل SPM .mat قدیمی در فایل .hdr.
? کاربرد: تبدیل فرمت ANALYZE به NIfTI همراه با اطلاعات به‌روزرسانی‌شده در هدر.

---

چرا از NIfTI Tools استفاده کنیم؟

? پشتیبانی از فرمت‌های استاندارد پزشکی: شامل NIfTI و ANALYZE
? امکان پردازش پیشرفته تصاویر: بازنمونه‌گیری، برش، افزودن حاشیه، تنظیم ابعاد
? قابلیت ویرایش و نمایش: مشاهده و ویرایش تصاویر با پشتیبانی از نمایش ROI و Activation Maps
? مدیریت آسان داده‌ها: تبدیل، ترکیب و تفکیک اسکن‌ها

? اگر در زمینه پردازش تصاویر پزشکی فعالیت دارید، این ابزارها گزینه‌ای ایده‌آل برای کار با تصاویر MRI، fMRI و CT در MATLAB خواهند بود! ?